สาวน้อยจอมเวท นาโนฮะ ทาคามาจิ นาโนฮะ เด็กป.3 ได้พบกับ ยูโน่ นักเวทจากโลกต่างมิติ ซึ่งกำลังตามเก็บจูเวลซี้ด แต่เสียท่าศัตรูจนสะบักสะบอม ทำให้ได้ค้นพบพลังเวทที่ยิ่งใหญ่ในตัวของนาโนฮะ และนาโนฮะก็เลือกที่จะใช้พลังเวทเพื่อปกป้องผู้คน ซึ่งเป็นภาระอันใหญ่ยิ่งเหลือเกินสำหรับเด็กป.3 แต่กระนั้นเธอก็ยังไม่ย่อท้อ และยังคงตามเก็บจูเวลซี้ดเพื่อช่วยยูโน่ต่อไป จนกระทั่งวันหนึ่ง เธอได้พบกับสาวน้อยจอมเวทอีกคนที่ชื่อ เฟท เทสทารอสซ่า ซึ่งตามเก็บจูเวลซี้ดเพื่อแม่ของเธอ ทำให้สาวน้อยทั้งสองต้องมาห้ำหั่นกัน ในที่สุดแม่ของเฟทก็เปิดเผยความจริงที่ทำให้เฟทต้องตะลึง คือจะใช้ตัวเฟทในการคืนชีพให้กับลูกสาวของเธออีกคน และขณะนั้นเอง ผู้ตรวจการแห่งห้วงมิติเวลา มิดชิลด้า ก็เข้ามาทำลายแผนของคุณแม่ของเฟท และจับตัวเฟทไปพิพากษา