ปี 2016 เกิดวิกฤตการณ์โรงไฟฟ้านิวเคลียร์ระเบิด ส่งผลต่อคลื่นรังสีหลายแห่งกระจายไปทั่วโตเกียว เวลาผ่านไป 20 ปี เมืองได้กลายเป็นเมืองร้างเพราะรังสีปริมาณมหาศาล ได้มีสัญญาณขอความช่วยเหลือปรากฏขึ้น ทางกองกำลังป้องกันตนได้ส่งเด็กผู้หญิง 3 คนที่เหมือนนักเรียนมัธยมปลายธรรมดาเข้ามาค้นหา พวกเธอมีโค้ดเนมว่า Coppelion ซึ่งเป็นเด็กตัดต่อพันธุกรรมที่ไม่ได้รับผลอันตรายจากรังสีมาตั้งแต่กำเนิด และสังกัดอยู่หน่วยป้องกันตนเองภาคพื้นดินของญี่ปุ่น คอยปฏิบัติการในพื้นที่ๆ ยังถูกปกคลุมด้วยรังสีปริมาณมหาศาล ที่มีทั้งสัตว์กลายพันธุ์และกลุ่มต่อต้านอาศัยอยู่