คิซารากิ ชินทาโร่ (Kisaragi Shintaro) เด็กอัจฉริยะที่มี IQ 168 แต่กลับเป็นฮิคิโคโมริ ไม่เข้าโรงเรียนตั้งแต่มัธยมปลายและขลุกอยู่กับคอมพิวเตอร์จนขาดมันไม่ได้ วันหนึ่งเขาพบซอฟต์แวร์ลึกลับเป็นเด็กผู้หญิงในโลกไซเบอร์ที่ชื่อ Ene ผลจากการถูกเธอแหย่ ทำให้เขาพลาดจนคอมพิวเตอร์ของเขาพัง จึงต้องออกจากบ้านเพื่อไปซื้อคอมพิวเตอร์ใหม่พร้อม Ene (ย้ายไปอยู่ในมือถือ) แต่เขาก็ได้พบกับกลุ่มผู้ก่อการร้ายที่จับคนในห้างเป็นตัวประกัน เขาและเธอได้ร่วมมือกับกลุ่ม Mekakushi Dan ที่อยู่บริเวณนั้น วางแผนจัดการผู้ก่อการร้าย หลังจากนั้น ทั้งสองก็ได้มาร่วมกลุ่ม Mekakushi Dan