ซิมโฟเกียร์ หลังหยุดยั้งแผนการณ์ชั่วร้ายจากศัตรูตัวฉกาจที่หมายทำลายโลกได้ หลายสัปดาห์ผ่านไป ฮิบิกิ ต้องมาเผชิญหน้ากับวิกฤตครั้งใหญ่กับ การบ้านช่วงปิดเทอม จนมีปัญหาด่วนเข้ามาซึ่งพัวพันกับองค์กรที่เกี่ยวข้องกับใช้เทคโนโลยี S.O.N.G. และนอยส์ในการทำสงครามในชื่อ Bavarian Illuminati แล้วยังอยู่เบื้องหลังของกรณี Frontier และ Mahou Shoujo incident ในเหตุการณ์ภาค 2 และ 3 นำโดยกลุ่มนักเล่นแร่แปรธาตุที่ทำการทดลองบางอย่าง