ยุคบาคุมัตสึ หรือโตเกียวยุคศตวรรษที่ 19 ปีสุดท้ายของยุคเอโดะ ยูกิมูระ ชิซึรุ สาวน้อยที่อาศัยอยู่ในเอโดะ มีพ่อทำงานเป็นหมออยู่ในเกียวโต จนกระทั่งวันหนึ่ง เมื่อเหตุการณ์บ้านเมืองเข้าสู่ยุคแห่งความไม่สงบอีกครั้ง พ่อของเธอก็ขาดการติดต่อไป ชิซึรุจึงได้ตัดสินใจเดินทางมาเกียวโตและปลอมตัวเป็นผู้ชายเพื่อตามหาพ่อ จนกระทั่งได้พัวพันกับเหตุการณ์วุ่นวายในเกียวโต และได้พบกับเหล่าสมาชิกของกลุ่มชินเซ็นกุมิ และเธอก็ได้เข้าเป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มชินเซ็นนั้น พร้อม ๆกับการตามหาพ่อของเธอไปในตัว แต่ทว่าการหายตัวไปของพ่อของเธอนั้น จะเกี่ยวข้องกับเหตุการณ์ก่อกบฎและกลุ่มชินเซ็นนี้หรือไม่